当宝宝腹泻超过2个月以上就可以称为慢性腹泻。由于腹泻迁延不愈，常伴有消化吸收障碍、营养不良、反复感染和生长发育落后，严重危害了小儿身心健康。
宝宝慢性腹泻的原因有种种
(1)对糖的不耐受：宝宝对糖不耐受的腹泻最多见是双糖酶缺乏或活力减低所致。原发性双糖不耐受可在出生后不久有腹泻，原因是缺少双糖酶使大量糖不能吸收.在肠道内形成渗透压增高，使大量水分吸收到肠腔中，形成腹泻。继发性双糖不耐受更多见，是由于胃肠炎后肠黏膜受损，致使双糖酶缺乏。这种腹泻可持续数月。
(2)对牛奶过敏：牛奶是一种异性蛋白，其中一种乳球蛋白会损害小肠黏膜，是主要的过敏原。如小婴儿对致敏的牛奶蛋白清除及处埋功能较差，就会发生腹泻和腹痛。此时不停牛奶，腹泻就迁延不愈。
(3)菌群失调：当宝宝患了严重的感染性疾病或手术后抵抗力明显下降，若在此时应用大量广谱抗生素或皮质激素治疗，使小儿免疫功能低下，对抗生素敏感的肠道内正常细菌受到抑制，而不敏感的致病菌就会大量繁殖引起长久的腹泻。
(4)对麦类过敏：患儿对大麦、小麦和黑麦中麸质（麦粉中的蛋白质)的抗原部分过敏，引起局部肠道过敏反应。当脂肪进入小肠后不易被肠壁吸收，遂从粪便中排出，造成持久的脂肪泻。
(5)营养不良:容易使腹泻迁延不愈，持久的腹泻又促进营养不良,这样互为因果，形成恶性循环。
(6)人工喂养：人工喂养儿免疫力低，失去母乳内保护因子，加之牛奶易受污染，如患腹泻易迁延不愈。
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