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儿童腹泻可大致分为感染性腹泻和非感染性腹泻。其中感染性腹泻的病原体又可分为病毒、细菌、真菌等，以病毒感染最常见。病毒性腹泻常为自限性，目前缺乏特效抗病毒药物，一般不用抗病毒药物，且不应使用抗菌药物。水样便腹泻者（排除霍乱后）多为病毒或非侵袭性细菌感染引起，一般不用抗菌药物。伴明显中毒症状且不能完全用脱水解释者，尤其是重症患儿、早产儿、小婴儿和免疫功能低下者，应使用抗菌药物。黏液脓血便者多为侵袭性细菌感染，应给予抗菌药物。寄生虫所致腹泻病少见。蓝氏贾地鞭毛虫和阿米巴感染可使用甲硝唑、替硝唑；隐孢子虫感染主要见于免疫功能低下者，可予大蒜素等治疗。真菌性肠炎应根据病情酌情停用原用抗菌药物，并结合临床情况考虑是否应用抗真菌药物。

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